El pantoprazol se usa para permitir que el esófago sane, y para prevenir un mayor daño al esófago en adultos con ERGE. Se usa también para tratar las afecciones en las que el estómago produce demasiado ácido, como el síndrome de Zollinger-Ellison en adultos.

Los pacientes pueden comenzar a notar alivio de los síntomas aproximadamente al día siguiente de comenzar el tratamiento con pantoprazol, pero podría ser necesario tomarlo durante 7 días para conseguir un control completo de la pirosis.